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Interações proteína-proteína (PPIs) são o processo que se refere a contatos físicos intencionais que são estabelecidos entre dois ou mais complexos de proteínas como parte de eventos bioquímicos e/ou forças eletrostáticas, mas raramente agem sozinhos. As proteínas são macromoléculas vitais, tanto em nível celular quanto sistêmico. As interações proteína-proteína são interações básicas para a estrutura e função dos complexos proteicos.
Os efeitos mensuráveis das interações proteína-proteína são: alterar as propriedades cinéticas das enzimas, que podem ser o resultado de mudanças sutis na ligação do substrato ou de efeitos alostéricos; permitir a canalização de substrato movendo um substrato entre domínios ou subunidades, resultando em última análise num produto final pretendido; criar um novo sítio de ligação, normalmente para pequenas moléculas efetoras; inativar ou destruir uma proteína; alterar a especificidade de uma proteína para o seu substrato através da interação com diferentes parceiros de ligação, por exemplo, demonstrar uma nova função que nenhuma proteína pode exibir sozinha; desempenham um papel regulador num evento a montante ou a jusante.
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