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O projeto de medicamentos baseado em estrutura é o projeto e a otimização de uma estrutura química com o objetivo de identificar um composto adequado para testes clínicos – um candidato a medicamento. Baseia-se no conhecimento da estrutura tridimensional da droga e como a sua forma e carga fazem com que ela interaja com o seu alvo biológico, provocando, em última análise, um efeito médico. A droga é mais comumente uma pequena molécula orgânica que ativa ou inibe a função de uma biomolécula, como uma proteína, o que por sua vez resulta em um benefício terapêutico para o paciente. Design de medicamentos ou design racional de medicamentos ou simplesmente design racional, é o processo inventivo de encontrar novos medicamentos com base no conhecimento de um alvo biológico. O design de medicamentos envolve o design de pequenas moléculas que são complementares em forma e carga ao alvo biomolecular com o qual interagem e, portanto, se ligarão a ele.
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